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La primera temporada de Glee narra el audaz intento del profesor de español, Will Schuester, por revivir el descuidado club de coro de la secundaria McKinley, bautizándolo como New Directions. Al inicio, el grupo está compuesto únicamente por estudiantes marginados y víctimas de acoso escolar que lidera la talentosa pero egocéntrica Rachel Berry. En un intento desesperado por atraer talento y popularidad al proyecto, el profesor recluta mediante un engaño al mariscal de campo del equipo de fútbol, Finn Hudson, lo que fractura de inmediato las estrictas jerarquías sociales de la escuela.
La principal amenaza del coro es la implacable entrenadora de las porristas, Sue Sylvester, quien detesta que el presupuesto de su equipo sea compartido y decide infiltrar a sus tres mejores alumnas —Quinn, Santana y Brittany— para sabotear los ensayos desde el interior. La trama da un giro dramático cuando Quinn, la novia de Finn y presidenta del club de celibato, descubre que está embarazada. Aunque le hace creer a Finn que el bebé es suyo, el verdadero padre es su mejor amigo y rebelde escolar, Puck, desatando un intenso conflicto de confianza mientras Rachel intenta ganarse el corazón de un confundido Finn.
En paralelo, la temporada aborda con crudeza y humor la aceptación social y la identidad, destacando el viaje personal de Kurt Hummel para confesar su homosexualidad a sus compañeros y a su comprensivo padre. Toda la tensión de las dinámicas adolescentes y los secretos familiares converge en la recta final del año escolar, donde el coro compite en las desastrosas pero emotivas eliminatorias Regionales. Aunque el grupo no logra llevarse el trofeo principal frente a sus rivales, una inesperada tregua por parte de Sue Sylvester les otorga el financiamiento necesario para asegurar un año más de música en la escuela.